| برآورد ضریب همخونی ژنومی در برخی از گله های گاو هلشتاین استان آذربایجان شرقی با استفاده از داده های تراشه متراکم نشانگری |
| کد مقاله : 1145-NSAP6TH (R1) |
| نویسندگان |
|
مهکامه رضاپور1، محمدرضا شیخلو *2، کریم حسن پور3، رشید صفری4، ذبیح الله نعمتی5 1دانش آموخته کارشناسی ارشد ژنتیک و اصلاح دام، دانشکده کشاورزی و منابع طبیعی اهر، دانشگاه تبریز، ایران. 2دانشیار گروه علوم دامی، دانشکده کشاورزی و منابع طبیعی اهر، دانشگاه تبریز، ایران 3استادیار گروه علوم دامی، دانشکده کشاورزی، دانشگاه تبریز، ایران. 4استادیار گروه علوم دامی، دانشکده کشاورزی و منابع طبیعی اهر، دانشگاه تبریز، ایران. 5دانشیار گروه علوم دامی، دانشکده کشاورزی و منابع طبیعی اهر، دانشگاه تبریز، ایران. |
| چکیده مقاله |
| در این تحقیق از اطلاعات ژنوتیپی 43 راس تلیسه متعلق به 5 واحد گاوداری شیری هلشتاین شهرستان تبریز برای برآورد همخونی ژنومیک استفاده گردید. فولیکولهای مو هر حیوان از ناحیه انتهای دم نمونه‌گیری شده و پس از استخراج دی ان ای با استفاده از آرایه Illumina BovineSNP50 BeadChip تعیین ژنوتیپ شدند. کنترل کیفی داده‌ها بر اساس نرخ فراخوانی تعیین ژنوتیپ، انحراف از تعادل هادری- وینبرگ و فراوانی آللهای نادر در جایگاههای مختلف انجام شد. ضریب همخونی ژنومیک بر اساس رشته‌های هموزیگوت ژنومی (ROH) توسط نرم‌افزار PLINK برآورد گردید. میانگین تعداد رشته‌های هموزیگوت ژنومی با طول قطعات 1، 2، 4، 8 و 16 مگاباز به ترتیب 7/25، 6/25، 20، 14/9، 8/2 برآورد گردید که با افزایش طول قطعات مدنظر برای رشته‌های هموزیگوت ژنومی، میانگین تعداد قطعات هموزیگوت در حیوان‌ها کاهش یافت. طولانی ترین رشته هموزیگوت ژنومی مشاهده شده در یک حیوان حدود 70 مگاباز طول داشت که شامل 1066 نشانگر SNP بود. بیشترین تعداد رشته‌های هموزیگوت ژنومی در بین کروموزوم‌های تحت بررسی در کروموزوم شماره 1 و 10 به ترتیب با 71 و 63 رشته در هر کروموزوم بود. میانگین ضریب همخونی ژنومیک برآورد شده با استفاده از قطعات رشته‌های هموزیگوت ژنومی 1، 2، 4، 8 و 16 مگابازی به ترتیب 6/8، 6/8، 7، 5 و 2 درصد بود. بیشتر بودن فراوانی رشته‌های هموزیگوت ژنومی کوتاهتر نسبت به قطعات بلندتر نشان دهنده این موضوع بود که قسمت عمده همخونی موجود در دامها مربوط به نسل‌های گذشته بوده و در اثر وجود اجداد مشترک در نسل‌های دور شجره بوجود آمده است. |
| کلیدواژه ها |
| همخونی ژنومیک، رشته های هموزیگوت ژنومی، گاو هلشتاین |
| وضعیت: پذیرفته شده برای ارسال فایل های ارائه پوستر |
